Náplň výzkumu
Hlavní náplní laboratoře je počítačová analýza, modelování a simulace regulačních procesů v buňce, identifikace a predikce funkcí RNA a poskytování bioinformatické podpory pro měřená data. Vyvíjíme počítačové deterministické a probabilistické modely regulace genové exprese a používáme metod statistiky a umělé inteligence pro analýzu rozsáhlých dat genové exprese.
Pomocí výpočetních postupů předpovídáme nové ncRNA a pomocí strukturní podobnosti k již funkčně charakterizovaným molekulám identifikujeme jejich funkci. Ve spolupráci s laboratoří regulace genové exprese a laboratoří RNA biologie ÚMG AVČR předpovídáme funkce mRNA, rRNA a snRNA v eukaryotické genové expresi.
Laboratoř je rozdělena na dvě části – výpočetní a laboratorní, která ve spolupráci s laboratoří mikrobiální genetiky a genové exprese a s laboratoří Dr. Bobka (První lékařská fakulta Univerzity Karlovy v Praze), připravuje většinu dat zpracovávaných v laboratoři.
Pro ukládání rozsáhlých proteomických dat byl založen (původně ve spolupráci s Biocentrem University v Basileji) databázový proteomický server SWICZ. Server poskytuje přístup k proteomickým databázím streptomycet, meningokoka, a kaulobakteru a je vybaven grafickým rozhraním a vyhledávacími nástroji pro efektivní prohledávání databází. Databáze jsou propojeny s dalšími zdroji dat, jako je GeneBank a KEGG. Laboratoř provozuje další dva servery pro analýzu sekundárních struktur RNA cpPredictor a rPredictor. Poskytujeme také nástroj Genexpi pro simulaci kinetiky genové exprese.
Laboratoř je zapojena v Evropském projektu velkých infrastruktur ESFR a ERIC, konkrétně v projektech ELIXIR-CZ, který je součástí evropské infrastruktury ELIXIR – European Life Science Infrastructure for Biological Information, a v projektu C4SYS, české skupiny pod ISBE – Infrastructure for Systems Biology Europe, kde je J. Vohradský členem rad obou infrastruktur.
Laboratoř se podílela na projektu ActinoGEN 6. Rámcového programu EU.
Další informace
Veškeré další informace jsou k dispozici v anglické verzi stránek.
All other information are available in english language.
